Suplementacja probiotykami jest szczególnie zalecana u kobiet poddanych antybiotykoterapii w trakcie ciąży lub porodu.
W ostatnich latach wykazano, że skład mikrobioty jelitowej u ciężarnych może wpływać na rozwój cukrzycy ciążowej. Cukrzyca ciążowa jest wynikiem zaburzeń gospodarki hormonalnej, które przyczyniają się do nietolerancji glukozy. Nierozpoznana, bądź źle leczona cukrzyca jest jednym z czynników ryzyka rozwoju wad wrodzonych u dziecka, a także porodu przedwczesnego. Istnieją badania naukowe, w których wykazano, że stosowanie probiotyków we wczesnej ciąży zmniejsza ryzyko rozwoju cukrzycy u kobiet z nadwagą.